Ninjad on väga julged ja julged sõdalased, kes pidevalt oma oskusi täiustavad. Nad teenivad teatud korda ja hävitavad selle vaenlased. Mängus Ninja Run aitate meie kangelast selles. Ta suutis jälile saada, kus ta vaenlased asuvad, ja öö saabudes läks ta nende urgu. Meie kangelane peab majade katustel jooksma teatud distantsi. Katuste vahele jäävad nähtavale erineva suurusega vahed. Teie, oma kangelast kontrollides, peate neist kõigist kiiresti üle hüppama. Kui kohtute mängus Ninja Run vaenlase sõdalastega, võite nad tappa oma usaldusväärse mõõgaga.